В 1886 году Атлантический океан превращается в место необъяснимых катастроф. Корабли исчезают один за другим а выжившие моряки рассказывают о чудовищном морском звере с металлическим блеском на боку. Профессор Пьер Аронакс получает приглашение присоединиться к экспедиции на фрегате который должен выследить и уничтожить угрозу. Вместе со своим верным помощником Консейлем и грубоватым гарпунщиком Недом Лендом он отправляется в путешествие которое обернется встречей с тем что человечество еще не видело. После нападения неизвестного объекта троица оказывается в холодных водах и их подбирает именно то что все считали морским монстром. Подводная лодка Наутилус управляемая загадочным капитаном Немо становится их тюрьмой и окном в иной мир.
Немо человек с прошлым полным боли создал под водой собственную вселенную где законы поверхности больше не действуют. Он презирает цивилизацию которая отняла у него все и теперь океан его единственный дом. Аронакс очарован гением капитана и чудесами глубин но Нед Ленд жаждет только свободы и готов на побег любой ценой. Между наукой местью и жаждой воли разворачивается противостояние под толщей воды где каждый иллюминатор открывает вид на затонувшие города коралловые леса и существ которые не должны существовать. Немо ведет их все глубже туда где давление способно раздавить человека а тишина звучит громче любого крика.