Томас Андерсон днем работает программистом в респектабельной компании а ночью становится хакером Нео и торгует нелегальным софтом. Его преследует ощущение что с миром что-то fundamentally не так. Сообщения на мониторе компьютера появляются сами собой и все они об одном: следуй за белым кроликом. В ночном клубе незнакомка Тринити шепчет ему про Морфеуса и про Матрицу. Утром в офисе Андерсона арестовывают агенты в черных костюмах и солнцезащитных очках. Они вживляют ему в живот механического жука-шпиона но потом этот жук исчезает словно его никогда не было. Морфеуса разыскивает полиция как опасного террориста однако он предлагает Нео выбор между синей и красной таблеткой. Одна вернет его к привычной жизни другая покажет насколько глубока кроличья нора.
После красной таблетки Нео просыпается в коконе заполненном розовой жидкостью. Его тело опутано кабелями а вокруг тянутся бесконечные ряды таких же коконов с людьми. Гигантские машины собирают урожай из человеческой биоэнергии. Реальный мир это выжженная пустошь где люди прячутся глубоко под землей в последнем городе Зион. Морфеус верит что Нео тот самый Избранный способный победить машины и освободить человечество. Тринити смотрит на новичка с беспокойством потому что Оракул когда-то предсказала ей что она влюбится в Избранного. Нео учится сгибать законы Матрицы уворачиваться от пуль и драться так что тело становится оружием а разум инструментом взлома симуляции.