Агент секретной службы Итан Берк приезжает в Idaho искать двух пропавших федеральных агентов и попадает в аварию на горной дороге. Он приходит в себя в больнице городка Wayward Pines где нет его вещей телефона и документов. Врачи уклончивы. Шериф странно спокоен. Когда Итан пытается позвонить жене в Seattle ему не дают связаться с внешним миром. Он находит тело одного из пропавших агентов и понимает что труп пролежал здесь не две недели а несколько лет хотя коллега исчез совсем недавно. В городе действуют абсурдные правила: нельзя говорить о прошлом нельзя пытаться уйти за высокий забор окружающий Wayward Pines. Каждый кто нарушает порядок исчезает или умирает при загадочных обстоятельствах.
Итан встречает свою бывшую напарницу Кейт с которой у него был роман. Она живет здесь уже двенадцать лет замужем и утверждает что это нормально. Берк не понимает как прошло столько времени если он искал её всего месяц назад. Реальность ломается на каждом шагу. За забором в лесу водится нечто опасное. Камеры наблюдения повсюду. Жители ведут себя как актеры плохо заученной пьесы. Итан пытается сбежать раскопать правду и вернуться к семье но чем глубже он погружается в тайну городка тем яснее становится что Wayward Pines это не просто ловушка. Это эксперимент. Или последнее убежище. Или что-то намного хуже.